Akcja kolejnej części rozpoczyna się tuż po wydarzeniach z ostatniego odcinka Młodego papieża, kiedy Lenny Belardo (Jude Law), znany światu jako papież Pius XIII, zapada w śpiączkę. Po niespodziewanym i tajemniczym zwrocie akcji, sekretarzowi stanu Voiello (Silvio Orlando) udaje się osadzić na Piotrowym Tronie Sir Johna Brannoxa (John Malkovich) – uroczego i wyrafinowanego angielskiego arystokratę, który przyjmuje imię Jana Pawła III. Nowy papież wydaje się być idealnym wyborem, ale skrywa tajemnice i ma pewną słabość.